化學制藥企業在生產過程中產生的廢水，成分復雜，有機污染物種類多，濃度高，COD值和BOD值高且波動性大，廢水的BOD/COD值差異較大，無機鹽含量高，可生化性很差，懸浮物和NH3-N濃度高，色度深，且含有大量有毒有害物質，對生物活性具有較大的抑制作用，是較難處理的工業廢水之一。隨著醫藥工業的發展，制藥廢水已成為嚴重的污染源之一。如何做好化學制藥廢水處理，并使之達標排放，是制藥企業需要重視的一個問題。

化學制藥廢水的成分復雜，COD、BOD值高，有的高達幾萬甚至幾十萬，但值較低，廢水一經排入水體中，就會大量消耗水中溶解氧，造成水體缺氧。同時，廢水的成分復雜且變化大，有機物種類繁多、濃度高、營養元素比例失調。

化學制藥廢水中的鹽分濃度過高，對微生物有明顯的抑制作用，當氯離子超過3000mg/L時，未經馴化的微生物的活性將明顯受到抑制，嚴重影響廢水處理的效率，甚至造成污泥膨脹，微生物死亡的現象。此外，廢水中存在生物毒性物質廢水中含有氰、酚或芳香族胺、氮雜環和多環芳香烴化合物等微生物難以降解，甚至對微生物有抑制作用的物質。

制藥廢水未經處理或處理未達到放標準而直接進入環境，將造成嚴重的危害。化學制藥廢水中難降解有機物含量多，且大多具有較強的毒性和“三致”作用，這些難降解污染物排入水體后，長時間殘留在水體中，并通過食物鏈積累、富集，終進入人體產生毒性。當有機物含量過大，生物氧化分解所消耗氧的速率超過復氧速率時，將使水體缺氧，從而造成水體中好氧水生物死亡，使厭氧微生物消化產生甲烷、硫化氫等物質，進一步抑制水生生物，使水體發臭。此外，藥劑及其合成中間體，往往具有一定的殺菌或抑菌作用，從影響水體中細菌、藻類等微生物的新陳代謝，并終破壞整個生態系統的平衡，造成嚴重的生態問題。

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